Підземелля і підземні ходи, що під будівлею храму, мають давню і мало досліджену історію. Події років більшовицько- сталінських репресій важким відбитком залягли у пам'яті тисячі полончан і жителів навколишніх сіл.
В ті страшні роки підземелля костелу слугувало катівнею, куди із сусіднього будинку НКВС на вірну погибель відправляли десятки, сотні вірян-католиків, представників інтелігенції. За брехливими наклепами підлих сусідів і колег, у цих підвалах згинули десятки робітників понінківської паперової фабрики, просто віруючі люди, в яких знаходили молитвослови на польській мові, десятки сільських трударів і ті, хто дозволяв собі хоч словом обмовити сталінських червонозіркових посіпак в кирзових чоботях, десятки тих, хто не міг змиритися із більшовицьким режимом.
Вперше двері підземелля під костелом відкрили у 1948 році, там було знайдено і перезахоронено останки 168 людей, які були заживо замуровані і померли страшною мученицькою смертю.
Сьогодні у підземеллі костелу духовенством храмів відкрито і освячено молитовну капличку і підземелля пам'яті, де за віру згинули сотні людей і де досі витає непереможний дух віри і великої любові до життя.
